Lietuvos raudonosios knygos pirmasis sąrašas, kuris šiuo metu vadinamas Lietuvos Respublikos saugomų gyvūnų, augalų ir grybų rūšių sąrašu, buvo patvirtintas 1976 metais. Daugėjant informacijos ir tyrimų duomenų, taip pat siekiant rūšių būklę įvertinti pagal naujausią metodiką, Lietuvos raudonosios knygos komisija siūlo šį sąrašą sutrumpinti.

Aplinkos ministerijos užsakymu sudėtingą ir aktualų darbą – saugomų rūšių vertinimą pagal Tarptautinės gamtos apsaugos sąjungos (IUCN) metodiką – atliko Gamtos tyrimų centras. Įvertinus šiuo metu į Lietuvos saugomų rūšių sąrašą įtrauktas 764 rūšis, nustatyta, kad per daugiau kaip 10 metų daugelio rūšių būklė pasikeitė. Paskutiniame Lietuvos raudonosios knygos komisijos posėdyje, iš esmės peržiūrėjus Lietuvos saugomų rūšių sąrašą, į jį specialistai siūlo įrašyti 566 rūšis.

Rūšis siūloma įtraukti ar išbraukti dėl įvairių priežasčių: daugelio rūšių būklė pagerėjo, jos tapo dažnos arba atlikus vertinimus pagal IUCN metodiką išsiaiškinta, kurios rūšys šalyje laikomos išnykusiomis, todėl jų realiai išsaugoti neįmanoma (38 rūšys). Be to, apie tam tikrų rūšių būklę trūksta duomenų, dėl to mokslininkai siūlo jas geriau ištirti ir, įvertinus rezultatus, ateityje siūlyti jas įtraukti arba neįtraukti į saugomų rūšių sąrašą ir kt.

Naujajame sąraše neliks kai kurių paukščių rūšių, kurios gamtinėje aplinkoje tapo įprastos – pilkosios gervės, gulbės giesmininkės, pilkosios žąsies, didžiojo baltojo garnio bei kitų. Šių paukščių populiacijos tapo pakankamai gausios. Antra vertus, pagal Saugomų rūšių įstatymą Lietuvoje yra saugomos visos paukščių rūšys, todėl esminio šių paukščių apsaugos teisinio statuso pokyčio nebus. Į Lietuvos saugomų rūšių sąrašą įrašoma pilkoji kurapka, kurios populiacijos visoje Europoje mąžta drastiškai, ši tendencija stebima ir Lietuvoje. Iš žinduolių sąrašo siūloma, kaip išnykusias, išbraukti europinę audinę ir ąžuolinę miegapelę, o kaip gausėjančią rūšį šalyje – ūdrą (ši rūšis yra saugoma pagal ES Buveinių direktyvą), taip pat, kelias šikšnosparnių rūšis, graužiką beržinę sicistą.

Į sąrašą siūloma įtraukti dėl invazinių vėžių plitimo šalyje sparčiai nykstančius plačiažnyplius vėžius. Kaip išnykusias žuvų rūšis, siūloma išbraukti sturius ir sparius. Atsižvelgiant į naujausius duomenis, keičiamas ir augalų sąrašas: anksčiau laikytos išnykusiomis – Lobelio čemerys ir širdžialapė kaldezija – dabar laikomos realiai gamtoje aptinkamomis rūšimis ir neišbraukiamos iš sąrašo. Tai pat siūloma išbraukti iš sąrašo nevietines rūšis, tokias kaip melsvasis linlapis, bekotis ąžuolas, arba rūšis, kurių būklė gera – meškinis česnakas, daugiametė blizgė, paprastoji vandens lelija ir kt. Sutrumpėjo ir samanų, grybų ir kerpių sąrašas, tačiau 22 rūšis, kaip retas ar nykstančias siūloma įtraukti į saugomų rūšių sąrašą.

Aplinkos ministerija, atsižvelgdama į ekspertų rekomendacijas, siūlo, kad atnaujintas sąrašas (žiūrėti Priedus) įsigaliotų nuo kitų metų sausio 1 dienos Pagal naująjį Lietuvos saugomų rūšių sąrašą kitų metų pabaigoje bus išleista nauja Lietuvos raudonoji knyga. Iki šiol išleisti trys šios knygos leidimai. Paskutinis leidinys parengtas ir išleistas 2007 metais.